Solución:
Tomando el ejemplo de aplicación de percepciones de ingresos brutos, el proceso es el siguiente
Paso 1: Grupo de Impuestos
Desde el menú de "Contabilidad - Configuración - Impuestos", vamos a crear un impuesto nuevo, donde su cálculo se base en un grupo de impuestos y no solo un porcentaje en específico.
En el siguiente caso estamos toamando el ejemplo del caso donde tenemos que apicar el IVA 21% + una percepción del 2.5%

Paso 2: Posición Fiscal
La posición fiscal nos va a ayudar a configurar nuestro grupo de impuestos y especificar en qué situaciones aplicaría. Esto no requiere más que el nombre del impuesto/retención/percepción para poder identificarla.
Paso 3: Aplicar posición fiscal en el grupo de impuestos
Dentro del grupo de impuestos, vamos a poder encontrar 2 campos clave: "Posición fiscal" y "Reemplaza", donde pondremos la posición fiscal creada en el paso 2 y el impuesto que vamos a reemplazar, en este caso, el IVA 21%.
Esta configuración hará que el IVA 21% que se encuentra configurado en el producto, sea reemplazado por nuestro grupo de impuestos con la percepción y el IVA 21% nuevamente.

Paso 4: Relacionar cada posición fiscal a un contacto
Dentro de cada cliente/proveedor, vamos a relacionar la posición fiscal creada en el paso 2 usando el campo de posición fiscal ubicado en la pestaña de "venta y compra"

Video demostración: